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血管相关细胞类型单细胞测序数据库分享

血管疾病是死亡的主要原因,目前我们对包括基因表达谱的差异在内的血管细胞成分知之甚少。SCIENTIFIC DATA 2018年8月21日在线发表了一篇名为“Single-cell RNA sequencing of mouse brain and lung vascular and vessel-associated cell types”的文章。


文章构建了小鼠脑和肺血管及血管相关细胞类型数据库(链接:http://betsholtzlab.org/VascularSingleCells/database.html ),数据库包含脑的3436个单细胞单细胞转录组以及小鼠肺的1504个单细胞转录组,该数据库将为血管发育和疾病研究提供坚实基础。


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血管系统由两种细胞类型构成:内皮细胞(Endothelial cells)和壁细胞(Mural cells)。壁细胞是周细胞(Pericytes, PC)和血管平滑肌细胞(Vascular smooth muscle cells, SMCs)的统称。PC广义上被定义为微血管的壁细胞而SMCs分布于动脉和静脉。


尽管壁细胞的细胞亚型在解剖位置和细胞形态上存在显著差别,但我们对其分子和功能差异的了解仍然有限。为了对血管及血管相关细胞类型进行更加精确的解剖学和分子描述,作者使用单细胞RNA测序技术构建了一个小鼠脑和肺血管及血管相关细胞类型数据库。


为了从成年小鼠脑中捕获血管和血管相关细胞类型,我们使用了一组转基因报告小鼠:


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为了从成年小鼠肺中捕获血管和血管相关细胞类型,我们使用了一组转基因报告小鼠:


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脑细胞分离参考文献:DOI: 10.1038/protex.2017.159;血管周单细胞分离参考文献:DOI:10.1038/protex.2018.005;肺单细胞分离:DOI:10.1038/protex.2018.006。


作者定义了15中不同的细胞类型:


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如何使用小鼠脑和肺血管及血管相关细胞类型数据库?

数据库分为两部分,第一部分可在线搜索:


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第二部分可分析脑血管细胞类型的富集基因:


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搜索示例,输入Rpl13a:


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可分别得到脑血管细胞单个细胞的表达情况(a)以及每个细胞类型的平均表达情况(b):


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也可分别得到肺血管细胞单个细胞的表达情况(c)以及每个细胞类型的平均表达情况(d):


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脑血管细胞类型的富集基因分析,Group1勾选周细胞,Group2勾选除周细胞以外的所有细胞,点击Compare:

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得到在周细胞富集的基因排序:


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在第一部分在线搜索验证,发现Sfrp2、Uchl1确实非常特异的表达在PC:


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搜索其他脑血管细胞类型的富集基因方法与举例类似。


最后给大家分享不同细胞类型的Marker,希望对大家有所帮助!

周细胞Marker:0 (8).png

血管平滑肌细胞Marker:0 (9).png

小胶质细胞Marker:0 (10).png

血管成纤维细胞样细胞Marker:0 (11).png

少突胶质细胞Marker:0 (13).png

血管内皮细胞Marker:0 (12).png

星形胶质细胞Marker:0 (14).png



参考文献:

He, L., Vanlandewijck, M. et al. Data Descriptor: Single cell RNAseq of mouse brain and lung vascular and vessel-associated cell types. Scientific Data, Volume 5, Article number: 180160 (2018).


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