科研星球

融合基因数据库,FusionGDB保姆级使用指南

有一个数据库:FusionGDB 值得推荐给你!

https://ccsm.uth.edu/FusionGDB/ 


  • 一、 融合基因

  • 二、FusionGDB

    • 1. 数据来源

    • 2. 主要注释内容

    • 3. 搜索方式

    • 4. 具体内容

一、 融合基因

  • 顾名思义,融合基因就是两个基因“融合”在一起。正常情况下,两个基因相隔很远互不干扰,但是由于病理的染色体重排,导致相隔很远甚至是不在同一条染色体的基因组合在一起。

  • 一般,融合基因是由染色体重排而产生的,包括染色体的易位,插入,颠倒,缺失。

  • 基因融合会产生基因融合转录本和嵌合蛋白产物,它们已被用作治疗的靶标。众所周知的例子是靶向BCR-ABL1基因融合的格列卫(Imantinib)和靶向EML4-ALK基因融合的克唑替尼

二、FusionGDB

现介绍一款能查询融合基因功能的数据库——FusionGDB

1. 数据来源

  • FusionGDB: Fusion Gene annotation DataBase (uth.edu)

    0.png

  • 数据来源:包含三个数据库分别是ChiTaRS 3.1、TumorFusions以及一篇基于TCGA分析融合基因文章(PMID:  29617662)。最终收集到了48117个融合基因,同时也可进一步对这些融合基因进行肿瘤相关的功能注释。

    0 (1).png

2. 主要注释内容

对于这些的融合基因,作者提供多种注释方式。

  1. 基因基本信息
  2. 癌症中的评估得分
  3. 生物过程基因本体论
  4. 功能描述
  5. 39个蛋白质特征(来自UniProt的六个加工特征,13个区域特征,四个位点特征,六个氨基酸修饰特征,两个自然变异特征,五个实验信息特征,三个二级结构特征)和PPI网络
  6. 相关药物及疾病

3. 搜索方式

  • 页面的搜索方式有六种

0 (2).png

4. 具体内容

4.1 填写symbol或者entrez id

0 (3).png

4.2 点击感兴趣融合基因

  • 得到34个Fusion genes,点击感兴趣的基因

    0 (4).png

  • 主要出现六个方面结果

    0 (5).png

4.3 基本信息

  • 表格详细给出了对应symbol,gene ID,位置,癌症评分等信息,并附上对应数据库超链接,非常方便

    0 (9).png0 (6).png

  • 0 (7).png

  • 0 (8).png

4.4 蛋白质特征

  • 0 (10).png

  • 0 (11).png

4.5 基因序列

  • 0 (12).png

  • 0 (13).png

4.6 PPI网络

  • 0 (14).png

4.7 相关药物

  • 0 (15).png

4.8 相关疾病

  • 0 (16).png

4.9 下载

  • 下载页面有对应内容及数据库

  • 0 (17).png

  • 更多信息可查看:FusionGDB: fusion gene annotation DataBase - PubMed (nih.gov)



QQ客服
电子邮箱
淘宝官店
没有账号?