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蛋白质相互作用数据库 BioGRID使用指南

关于探究的蛋白质相互作用的数据库,之前介绍过STRING就是这样的数据库,为什么很多生信的文章都是使用STRING来探讨基因之间的相互作用关系,主要原因还是STRING支持输入多个基因,寻找多个基因之间的相关作用关系。但是如果我们只有一个基因的话,想要知道这个基因和其他什么基因有关系的话,这个时候,STRING虽然也能做,但是预测的结果和结果的多样性就没有另外一个数据库好了。这个数据库就是 BioGRID (https://thebiogrid.org/ , 点击阅读原文可直达数据库)。



具体操作


打开链接,官网界面如下,使用起来非常简单,在搜索框输入基因名称、选择物种、提交, 3步即可得出结果。


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举个栗子:YTHDF1

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提交后可得到如下检索信息:

1.     该基因的基本信息,如:别称、GO、转录后修饰情况等,并提供外源数据库链接。

2.     基因间的相互作用方式、具体检测方式及其所占百分比。

3.     基因相互作用的详细信息及下载。


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Interactors菜单下,可以看到与“YTHDF1”蛋白相互作用的全部基因,具体展现方式可以依据证据的多少或者字母顺序,也可看相互作用基因的转录后修饰信息。


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通过Network菜单,可以显示该蛋白质的相互作用网络,点击该网络内的任意节点或者连线,均可显示相关信息。

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