基因数据库PaGenBase使用指南

2021-03-18 分类：数据库使用指南阅读(3320) 收藏

今天给大家介绍的这个网站名为PaGenBase，用起来比较方便，搭配网站自带的小工具还可以作图。

PaGenBase（http://bioinf.xmu.edu.cn/PaGenBase/index.jsp ）

PaGenBase是一个免费的数据库，它提供了从多种生理条件下的序列基因表达图谱中鉴定出的11种模式生物的模式基因(特异性基因、选择性基因、管家基因和被抑制基因)信息。该数据库收集了143个高质量的微阵列、NGS和平铺阵列数据集以及文献，包括1,145,277个图谱。从组织/细胞类型、发育/分化等方面，涉及各种时间/组织特定条件。

我们来操作一下，就用网站提供的例子CYP3A4在人类细胞中的表达水平。

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Organism选择Homo sapiens，Data group选择cell，再输入基因的名字CYP3A4，点击submit，就可以提交对该基因的查询。

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结果显示出搜索到两个基因，我们点击第一个CYP3A4。

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关于CYP3A4搜索到3个模式基因，同时对应着三个数据集，我们点击第一个CYP3A4，我们可以看到他在Selective genes有个标志，这里的选择性基因是指一组基因的表达只在几种条件（样本）中富集。

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点开之后就能够看到该基因的基本信息，GO分析以及数据来源。

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同时网站还提供了该基因在一些细胞系中的表达。当然这是最为简单的搜索，如果想要深入了解一个基因在某个物种的表达或者分析，可以用他们的高级搜索。

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该网站不但提供了基因搜索，还能够链接到自己的姐妹网站进行数据分析。

PaGeFinder（http://bioinf.xmu.edu.cn/PaGeFinder/index.jsp ）

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点击图中的Start Analysis即可进入数据上传页面，上传数据的格式只能是.txt以及.zip格式的文件。

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具体的格式需要包括基因名称、组织或样本编号及表达数值，上传后即可通过设置相应数据即可出图。

以上两个网站联合起来使用，既可以了解这个基因的具体功能和表达还可以作图，一举两得。

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