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预测miRNA受何种转录因子调控数据库,TransmiR v2.0使用指南

今天我们介绍的主角TransmiR v2.0数据库就是用来预测miRNA受何种转录因子调控。数据库页面简洁明了,功能齐全,这种活好又不黏人的数据库谁不爱呢?


数据库的网址为http://www.cuilab.cn/transmir


大家使用的时候不要忘记引用参考文献噢:

Tong Z, Cui Q, Wang J, Zhou Y. TransmiR v2.0: an updated transcription factor-microRNA regulation database. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D253-D258.



一、TransmiR v2.0数据库基本介绍

TransmiR v2.0数据库由北京大学健康科学中心生物信息学系研究团队开发,是一个用于寻找转录因子和miRNA之间调控关系的数据库。该数据库目前已经更新到2.0版本,两个版本的数据库均发表在Nucleic Acids Res我们进入主页看看数据库基本情况。输入网址http://www.cuilab.cn/transmir,进入数据库主页面。


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数据库上方的菜单栏显示了TransmiR v2.0数据库的几个主要功能,包括“Home”(主页),“Search”(检索功能),“Network”(构建转录调控网络),“Enrichment analysis”(富集分析),“Predict”(预测功能),“Statistics”(数据库证据等级介绍),“Download”(数据库数据下载)以及“Help”(帮助文档)。


当前主页展示了TransmiR v2.0数据库的基本介绍,该数据库从1045种出版物中手动整理了2852个TF-miRNA关系对,包括ChIP-seq的TF-miRNA数据,共囊括了3,730篇文献,涵盖约623个转录因子,785个miRNA以及19个物种。页面右侧展示了数据库的更新日志以及开发团队的联系方式。


我们接着通过“Statistics”板块来了解一下数据库的证据等级。点击“Statistics”,进入如下界面:


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该数据库将证据等级分为Level 1、Level 2以及Literature文献支持等三个级别,这是该数据库的一个特色,因此在使用TransmiR v2.0数据库前务必要了解这一特点。Level1和level2的区别是基于所用启动子区域注释的可靠性。Level1是以pre-miRNA的5’末端或miRNA簇中第一个成员的转录起始位点为TSS,接下来将TSS上游5kb到下游1kb的窗口假定为转录调控区,因此该定义可涵盖大多数miRNA,但存在一定的假阳性。Level2指文献中高通量实验支持的miRNA的TSS,将TSS的上游300bp到下游100bp的区域定义为转录调控区。文献支持这个等级就好理解了,是已有文献报道过的关系对。因此大家可以看出, Level1可以涵盖大多数miRNA,但假阳性率较高;Level2更严格,但覆盖的miRNA较少;而Literature的可信度最高。因此如果数据库预测的关系对很多,大家可以尝试调高证据等级,获得更可靠的结果。




二、TransmiR v2.0数据库功能介绍

TransmiR v2.0数据库的功能主要集中在“Search”,“Network”,“Enrichment analysis”以及“Predict”等四个模块。我们接下来进行逐一介绍。

点击“Search”,跳转到如下页面:


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用户需要选择物种,转录因子或者miRNA。如果选择转录因子,就是查找该转录因子调控的所有miRNA;如果选择miRNA就是反向查找该条miRNA受哪些转录因子调控。Exact和fuzzy表示精确或模糊查找,在搜不到需要查找的miRNA的时候,选择fuzzy会有意外收获哦~我们以示例miRNA为例,输入hsa-mir-200a,点击“Click to Search”:


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结果以表格的形式呈现了调控hsa-mir-200a的转录因子,其中第一列为检索到的转录因子名称,后面还提供了转录起始位点、作用位点、调控类型、参考文献、证据等级等信息。分别点击hsa-mir-200a和转录因子名称可获得两个分子的详细信息:


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页面下拉到最后可以点击“here”下载表格信息。


点击“Search”,跳转到如下页面:


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这个模块可以锁定一个分子或一个疾病,查看转录调控网络。版块左边有三个目录:miRNA、transcription factor和disease。点击“+”号展开目录。如miRNA目录下有物种分类,点开homo sapiens,出现该数据库内涵盖的所有miRNA,可以选择其中一条has-let-7b,右侧会展示以该条miRNA为中心的调控网络图。如图中所示,红色圆点为miRNA,蓝色圆点为调控该miRNA的转录因子,连接线颜色展示不同证据等级,灰色为Level 1等级、绿色为Level 2等级、红色是有文献支持的相互作用。实线、虚线分别表示转录激活和转录抑制。点线表示调控关系,点虚线表示激活或抑制关系。选择转录因子和疾病的操作十分类似,点击download browser result可下载结果。


点击“Enrichment analysis”,跳转到如下界面:


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如果你有一个miRNA列表,并且想要对列表中的miRNA进行转录因子分析,就可以使用该模块。第一步,将miRNA列表输入或粘贴到文本框中,此处使用示例数据。第二步,设置miRNA类别的大小,一般默认即可。第三,选择最低置信度,分level1和level2。如果选择Level2,得到的结果较少,但也更可靠。最后,单击“Run”提交查询。结果以表格的形式展现:


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第一列为调控输入列表中miRNA的转录因子;第二列count为输入列表中受该转录因子调控的miRNA个数。鼠标悬停于转录因子上,显示该转录因子调控的所有miRNA,其中,输入列表中的miRNA会橙色突出显示。点击左上角Text file of results可以保存结果。


点击“Predict”,跳转到如下界面:


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该模块可基于人转录因子的结合基序矩阵预测TF-miRNA之间的调控关系。用户需要指定输入类型,转录因子或miRNA;指定搜索模式,精确或模糊,然后输入关键词,例如“ ZEB1”,点击“Click to Search”:


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检索结果从左往右看:第一列,转录因子名称,此例中为ZEB1;第二列,与ZEB1结合的miRNA名称;第三列TSS,即miRNA的转录起始位点;第四列,结合位点在染色体上的位置;第五列,调控类型。第六列,证据等级;第七列,得分,即每个结合位点的原始得分;第八列,Zscore定义为在miRNA启动子内其他区域的平均原始评分之上的标准偏差数。单击网页最下方“Here”可下载结果。点击转录因子名称或miRNA名称可查看具体信息。


好啦,TransmiR v2.0数据库的介绍我们就说到这里啦~其他功能如“Download”下载数据库的信息,“Help”数据库使用介绍等跟之前介绍的其他数据库类似,此处就不再一一赘述啦


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