mRNA富集分析so easy, lncRNA功能富集分析却总让人抓不着头脑，那么今天的分享将让你对此豁然开朗。记得读完后码好！
文章来自杂志：Nucleic Acids Research（IF: 11.5），作者为哈尔滨医科大学的李春权研究团队。该课题组开发出一个专注于人类lncRNA集合注释和富集分析的数据库LncSEA，该数据库lncRNA数据资源丰富，提供超过40000种参考lncRNA 集合，包括18个类型（miRNA，drug，disease等）和66个子类（网址：http://bio.liclab.net/LncSEA/index.php ）。
LncSEA: a platform for long non-coding RNA related sets and enrichment analysis开发团队不仅对20多个已发表数据库中的lncRNA功能信息进行收集，还通过整合TF-ChIP-seq、DNase-seq、ATAC-seq和H3K27ac-ChIP-seq等高通量数据资源对lncRNA上游的转录调控相关集合（转录因子和DNA调控元件）进行预测（图1）。LncSEA中共包括18个类型的lncRNA,根据其数据源分类，不同类别特征，与lncRNAs之间的关系等原则，研究者进一步将其划分为66个子类。LncSEA主要包括Analysis，Search，Browse，ID conversion，和Download 5个功能模块，下面我们将详细对这5个功能模块的具体应用进行一一介绍（图2）。在Analysis模块，大家可以通过输入lncRNA集合列表或者上传lncRNA集合文件，选择感兴趣的lncRNA参考集合（Disease、Drug、Cancer Hallmark等），设置运行参数，点击Run即可进行lncRNA的注释和富集分析（图3）。
在Analysis结果页面（图4），用户可以任意选择18个类型对应分析结果的文本文件、气泡图和条形图。
在Search模块，大家可以直接在输入栏里输入lncRNA ID（Gene Symbol/Ensembl ID/NCBI Refseq ID/Alias/Entrez Gene ID），基因区域或基因序列进行搜索来了解lncRNA所属分类和lncRNA的功能（图5）。
在Browse模块（图6），用户可以通过自定义Class和Sub Class快速搜索lncRNA集合。
在ID conversion部分，用户可以直接输入lncRNA集合或者上传集合文件，点击Convert，就可得到不同类型的ID结果，再点击Analysis又可以继续分析结果（图7）。
在Download部分（图8），用户可以下载参考集合的详细信息，后续自行完成本地的lncRNA富集分析。
之前的lncRNA富集一般需要先通过相关性分析把lncRNA和基因联系起来，通过对其相关基因的富集完成lncRNA的富集。lncSEA则是可以“减少中间商赚差价”，直接对lncRNA进行注释，在为我们提供更丰富简便快捷的lncRNA注释数据资源的同时，也使得注释结果更加准确。总之，LncSEA是一个非常实用又有充满新意的数据库呢，感兴趣的同学可以根据自己的实验结果，结合LncSEA筛选感兴趣的lncRNA，从而用于后续验证分析哦。
