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单细胞测序数据库,SC2disease使用指南

数据库概览


进入SC2disease主页(http://easybioai.com/sc2disease/  ),首先映入眼帘的是数据库所涵盖的人体疾病种类概览,在页面右侧有列表形式展示,可以直接点击感兴趣的疾病进入详情页面,进行数据浏览。


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页面下拉,可见该数据详细介绍。SC2disease数据库是由西北工业大学彭佳杰教授团队于2021年发表在Nucleic Acids Research杂志,该数据库基于各种疾病和正常单细胞转录组基因表达谱数据,为研究者提供丰富的细胞特异性信息,如感兴趣基因细胞特异性表达情况,特定细胞类型标记,多种疾病生物标志物,以及提供在疾病和非疾病状态下各种类型细胞的表达谱差异性分析功能。


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页面继续下拉,该数据数据总体概览,分别是

(1)全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)和单细胞RNA-seq数据重叠的注释信息;

(2)scRNA-seq在疾病研究中的发展;

(3)scRNA-seq数据注释的每种疾病基因数量;

(4)scRNA-seq数据注释的每种疾病细胞类型数量。

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数据库功能及操作演示



 1 浏览功能:Browse

点击Browse进入数据浏览页面,左侧栏可以分别根据疾病类型和细胞类型进行数据浏览,


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以肺癌为例,点击后可见详细信息,展示肺癌患者淋巴结组织中不同细胞类型各个基因差异性表达情况,点击双向箭头可以根据该条目进行排序。点击Gene列基因名可链接到NCBI查看基因信息;Variable Name列显示差异性指标,如logFC和mean。另外,该表格提供参考文献PubMed ID和检测平台信息。左上角可下载列表数据。


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点击某基因条目最后一列Detail,则可以查看该基因详细信息,可重点关注的数据如细胞类型、KEGG_Pathway和Description等。


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检索功能:Search


点击Search,可分别以疾病类型、基因名和细胞类型进行检索。如以Lung cancer进行检索,结果与前文类似;再比如以Vascular cells进行检索,列表展示疾病类型和组织来源,其余内容基本同前述。


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 3 分析功能:Analysis


点击Analysis进入功能页面,分别提供Reanalyze by unified Pipeline和Single cell data VS GWAS data两种分析功能。前者以疾病类型和基因名进行分析,仍旧以Lung cancer为例,点击Search得到分析结果,显示肺癌患者淋巴结组织不同类型细胞中显著差异表达的基因。同样以示例基因CAV2为例进行检索,结果展示该基因在不同疾病来源组织的不同类型细胞中显著差异表达情况。以上结果均提供logFC值、P值和adjust P值,以及参考文献和检测平台信息。


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Single cell data VS GWAS data功能,可以选择疾病类型,点击Display查看数据列表展示,点击Visualize显示数据可视化结果。选择Lung cancer为例,点击Display,结果展示有GWAS文献注释的SNP信息,提供基因名、P值、染色体位置和细胞类型,以及差异性指标,基本同前。


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选择Breast cancer为例,点击Visualize,结果展示乳腺癌组织来源不同细胞类型中SNP信息可视化结果。


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数据下载与上传功能


点击Download进入数据下载页面,包含该数据库差异分析和可视化所有数据集;点击Submit进入数据上传页面,用于提交个人单细胞测序数据。


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以上就是SC2disease数据库的全部内容,开发并维护数据库不易,小伙伴们使用时别忘记引用以下参考文献!

Zhao T, Lyu S, Lu G, Juan L, Zeng X, Wei Z, Hao J, Peng J. SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases. Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8;49(D1):D1413-D1419. doi: 10.1093/nar/gkaa838. PMID: 33010177; PMCID: PMC7778914.



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