科研行星资源

综合性预测基因功能的数据库, Harmonizome使用指南

今天推荐一个综合性预测基因功能的数据库: 

 Harmonizome (https://maayanlab.cloud/Harmonizome/  )。


下载.jpeg


1. 背景数据集介绍

这个数据库汇总多个预测基因相互作用的数据库。涉及到基因功能的各个方面。

下载 (1).jpeg

因此,我们可以通过这个数据库查找到这个多个数据库预测的结果。其中就包括miRNA预测数据库MiRTarBase,人类代谢组数据库Human Metabolome Database等等。

另外关于这个基因功能的预测,数据库使用ARCHS4数据库来进行共表达分析以及相关的功能预测。这个数据库是一个包含上百个测序数据集的数据库。我们利用这个数据库当中的测序数据库来分析和这个可能存在共表达关系的基因以及预测其基因的功能。

类似的数据库还有MEM。只不过MEM(https://biit.cs.ut.ee/mem/index.cgi  ) 的数据集使用的是芯片的数据,这个使用的测序的数据。

下载 (2).jpeg



2. 数据库使用

数据库使用十分的简单,我们只需要输入想要检索的基因,疾病和基因集等等。例如我们这里检索STAT3

下载 (3).jpeg

结果解读

在检索完之后,就可以获得这个基因的相关信息了。首先,我们可以看到这个基因的基本信息以及GENE数据库当中的基因简单介绍。对于基因功能的预测。这个数据库ARCHS4数据库来进行预测。

下载 (4).jpeg

在功能预测部分。我们可以看到这个基因可能影响的通路、具有共表达的基因以及这个基因在不同的组织和细胞当中的表达情况。

下载 (5).jpeg

其中功能预测部分,除了我们常见的GO分析,KEGG等分析。还包括ChEA等分析。这个是一个转录因子chip-seq分析网站。通过这个ChEA就可以预测可能影响这个基因表达的转录因子。

下载 (6).jpeg

另外在共表达基因预测方面,可以获得存在共表达关系的基因。对于这些基因,我们也可以对其进行富集分析。对于这些基因的分析可以通过Enrichr网站来进行。

下载 (7).jpeg

另外Harmonizome 数据库当中,还包括了我们刚刚提到了其他各个数据库预测的结果。例如想要查看和STAT3有关的miRNA有哪些。就可以在下面预测结果当中找到。

下载 (8).jpeg



数据下载

对于预测到的所有结果,都可以点击下载下载下来。通过下载,就可以或者综合性预测这个基因的功能的所有结果。

下载 (9).jpeg



数据库的其他用法

经常我们在测序数据分析的时候,有时候需要寻找某一类的基因集。这个数据库提供了关键词检索的基因集。例如,我们想要寻找和凋亡有关的基因。那就可以检索凋亡。就可以获得相关的基因有哪些了。

下载 (10).jpeg


QQ客服
电子邮箱
淘宝官店
没有账号?