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缺氧研究综合数据库,iHypoxia使用指南

iHypoxia,网址为:http://ihypoxia.omicsbio.info/。


该数据库由郑州大学程涵教授、王振龙教授和中山大学刘泽先教授课题组联合开发。iHypoxia共包含有390个条件下,发生在5种哺乳动物的41482个缺氧调节蛋白的158615个量化事件。


进入网站主页后,可以看到网站主页长这个样子。主要功能模块为Browse和Search模块。主页下方也提供搜索和Search模块的功能一致,大家可以通过输入Ensembl ID、UniProt ID、Gene name或Protein name来进行搜索。


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我们就拿网页提供的例子来看看iHypoxia能为我们做什么吧。点击例子后Submit,会在下方跳转出搜索结果。


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再点击More那一列下的跳转按钮,然后就会跳转出来显示结果,内容包括该基因的基本信息、功能和氨基酸序列。


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然后有低通量实验的证据,包括实验条件,该基因的表达调节、样本类型和证据水平以及实验的方法。


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然后还有高通量实验的证据,内容也和上面基本一致,多了Log2 Ratio和统计显著性。


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然后网页给我们展示了该蛋白的翻译后修饰,包括泛素化、乙酰化、羟基化、甲基化、磷酸化、sumo化和糖基化。点击上面不同的图例,可以显示或者关闭该修饰的显示结果。


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最后网站还显示了蛋白互作网络和亚细胞定位以及药靶关系。


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Browse模块则展示了低通量和高通量实验证据的概括和浏览,大家可以通过点击More下面的跳转按钮浏览相关结果。


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2018年,关于缺氧的国自然项目有66项,总金额2910万,2019年共有69项,总金额2956万,虽然比不上像m6A、lncRNA这样的研究热点,但是缺氧在生物化学反应和疾病过程中还是非常重要的,给小伙伴们瞅几个国自然的标题就一目了然了。


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