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具有蛋白质编码功能的人环状RNA的综合数据库,circRNA使用指南

环状RNA是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。已知环状RNA在人类组织和细胞中广泛表达,并在生理或病理过程中起着重要的调节作用。例如起miRNA海绵的作用,调控基因转录并与RNA结合蛋白相互作用等。对circRNA的形成和功能机制的进一步研究将有助于我们在转录水平上了解生命活动的复杂性。

既然这么重要,那么今天小编就来给大家介绍一个全面注释的人类环状RNA数据库:circRNADb(http://reprod.njmu.edu.cn/cgi-bin/circrnadb/circRNADb.php),是人类环状RNA分子的综合数据库,具有蛋白质编码注释。收集了32914个人类外显子环状RNA记录。circRNADb提供了circRNA的详细信息,包括基因组信息,外显子剪接,基因组序列,内部核糖体进入位点(IRES),开放阅读框(ORF),参考文献及circRNAs蛋白质编码潜能等。

该数据库的使用非常简单,傻瓜式的点点点即可。下面我们来简要介绍一下该数据库。

1.    Home

主页面是circRNADb数据库所有功能的入口。

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2.    Quick Search

快速搜索可用于搜索基因组位置,基因名称,最佳转录本或样本。结果页面将显示所有匹配的circRNA。如果我们有多个关键词,则可以将它们与“ +”组合。

例如,我们这里输入基因名称“RERE”

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结果如下,将显示所有与该基因有关的circRNA。点击红色超链接即可查看该circ的详细信息。

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3.    View All RNAs

可以查看所有circRNA的基本信息。我们可以单击感兴趣的circRNA ID以获取详细信息。这里点击:hsa_circ_00001。

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可以发现,关于该circRNA,主要包含其染色体定位、正负链、来源基因、长度、样本、物种等基本信息,及转录本、蛋白质编码潜能、参考文献等详细信息。

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4.    Advanced Retrieval

高级检索提供5种类型的入口,我们可以从以下5个方面进行分类检索。

(1)     Advanced Search

最多可以接受六个关键词及六个可选值。可以由“ AND”,“ OR”或“ NOT”组合在一起,自由组合不同类型的关键字以限制搜索。

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(2)     Browse By Gene Symbol

按基因名称将circRNADb中的circRNA数据集分组。

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(3)     Browse By PubMedID

按PubMedID将circRNADb中的circRNA数据集分组。

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(4)     Browse By Cell Type

按细胞类型浏览数据将circRNADb中的circRNA数据集分组。

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(5)     Browse By Protein-coding Potential

按蛋白编码潜能将circRNADb中的circRNA数据集分组。

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5.    Resources

此处可供我们下载circRNA数据集。



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