近几年，单细胞的研究蔚然成风，受到很多科研人员的青睐。小编为大家整理了迄今为止，最全的单细胞线上数据库，可以帮助你更准确地进行细胞注释和分析，也可以用作研究前期的数据探索。
Human Cell Landscape (HCL)
Human Cell Atlas (HCA )
Human Protein Atlas (HPA)
SC2disease
Cell BLAST
CellMarker
PanglaoDB
CancerSEA
Human Cell Landscape (HCL, http://bis.zju.edu.cn/HCL/ 或国家基因库镜像地址https://db.cngb.org/HCL/)
HCL是由浙江大学团队打造的人类细胞谱图平台，包含60种人体组织和7种细胞系的细胞，跨越胚胎和成年两个时期，涵盖八大系统的人类细胞图谱。该成果于2020年3月份发表于Nature，作者开发了scHCL单细胞比对系统，可帮助鉴定人类细胞类型。
其中几大功能介绍如下：
名称 | 功能介绍 |
Landscape | 可对人体102种细胞类型进行可视化、也可以对细胞分组、筛选特定组织或基因进行可视化。 |
Gallery | 可下载特征组织的单细胞的表达矩阵以及基因聚类分析的结果。 |
Search | 可选择特定组织下的感兴趣基因，并获取该基因表达的柱状图和tSNE聚类图。 |
Run-scHCL | 允许用户自行上传RNA表达矩阵(scRNA或bulk RNA都可以)，运行该模块后，可鉴定数据中的细胞类型，并提供交互式热图和csv文件结果。 |
Human Cell Atlas (HCA, https://data.humancellatlas.org/).
人类细胞图谱(HCA)目前收录了33个组织，289个供体，共包含450，0000个单细胞测序数据，可呈现人体内不同组织下的细胞类型、数目、位置、以及彼此间的关联等。
Human Protein Atlas (HPA, https://www.proteinatlas.org/humanproteome/celltype)。
HPA最近又出了一个新的板块叫做”single cell type atlas”,替换原有的”Cell Type”。该板块包含了来自13个人体组织的单细胞RNA测序数据，共192个细胞类型。可以检索不同细胞类型中基因的数目，以及聚类umap图和表达柱状图，并配有免疫组化切片、空间蛋白表达等结果。
SC2disease收录了29种组织、341个细胞类型，涉及到25种疾病。用户可以获取每种疾病状态下各个细胞的基因表达谱、查询感兴趣基因在不同细胞类型中的表达变化、寻找疾病特异或细胞类型特异的marker基因，比较疾病状态和非疾病状态的不同细胞类型的基因表达谱。该数据库的结果均为人工收集，于2020年10月份发表。
Cell BLAST是2020年7月发表的研究，提供了单细胞的检索和注释平台。该数据库涵盖了27个不同的组织、8个物种、2，989，582个单细胞数据，基于Cell ontology构建一套结构化的细胞类型注释，并采用深度学习的模型，可以对不同数据集的细胞亚群进行注释，克服了批次效应。
Cell Marker数据库通过手工收集的100，000+关于人类和小鼠的文献，可以查询不同组织、细胞类型的marker基因，并提供下载。共包含158个人体组织，涵盖467种细胞类型，13，605个marker基因。共包含81个小鼠的组织，涵盖389种细胞类型，9，148个marker基因。
PanglaoDB (https://panglaodb.se/index.html)。
PanglaoDB是2019年发表的单细胞转录组数据库，收集了人和小鼠的单细胞数据。包含400万+细胞以及6000多个marker基因，来自不同组织和器官。PanglaoDB可用于细胞分群注释，数据可以在线浏览、分析以及下载。
