科研星球

测序结果还不会看?看过来!

作为科研人员,如果你还不知晓近期基因组测序 的飞速发展,那你就实在太out了。。。随着新一代测序技术的不断改进,新测序仪不断涌现,测序价格也越来越低,应用当然也越来越广。近两年,新一代测序技术广泛应用于全基因组测序,疾病关键基因的测定,以及宏基因组学。

然而由于这一领域的发展速度飞快,因此一些新接触的实验人员可能会感到茫然无措:虽然这些研究人员都具有实体测序实验操作经验,但是如何处理获得的庞大数据是一个巨大挑战。幸运的是,目前已经有了一些免费的,或者说是低成本的多元化工具,以及活跃的用户群,可以帮助我们解决其中的一些问题。下面切入正题。
判断测序结果主要看峰图,一般公司会发给你两个文件,一个是“*.seq”文件,是序列文件,用记事本即可打开,另一个AB1文件(注意是阿拉伯数字1,而不是英文字母I),就是峰图文件,你用Chromas 软件打开它,这个软件也能进行序列查找。看看你的序列峰图是不是对应良好。

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由于一代测序的特点,其一次测序能够产生约600~900bp的有效读长。某些较长的片段能够通过正反向测序或者设计引物测序将全长覆盖,这样,测序公司可以将多次测序结果进行拼接,从而直接给客户提供拼接好的结果序列。如果拼接结果与理论序列完全一致,则皆大欢喜;如果结果中有碱基与理论序列不一致,那么就需要根据AB1文件详细分析了。


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