自身免疫病的重要特征是机体产生针对自身抗原蛋白的各类抗体，根据所靶向抗原细胞内/外定位不同，抗体具备不同作用：胞外抗原抗体因容易接触抗原，是介导疾病的主要类型，而胞内抗原抗体则主要用作疾病诊断、评估。ANA是能够与细胞核/质抗原特定成分结合的自身抗体，根据结合强度和特定结构会产生不同的染色模式。虽并不能直接诊断特定疾病，但与多种风湿性疾病相关：SLE：系统性红斑狼疮；DIL：药物性狼疮；SS：干燥综合征；SSc：系统性硬化症；RA：类风湿关节炎；MCTD：混合结缔组织病；PM：多发性肌炎。
ANA又称为抗核酸抗原抗体，是一组将自身真核细胞各种成分作为靶抗原的抗体总称，靶向的抗原包括：DNA、可提取核抗原（ENA）、RNA、核糖核蛋白（RNP）。靶抗原是基因组（mDNA）和线粒体（mtDNA），这两类抗原通常会被胞质中DNA内体（修复酶）快速降解而不能递呈给免疫系统。但凋亡细胞会在感染和紫外线刺激下释放合抗原，抗dsDNA抗体对其进行识别并形成免疫复合物，导致炎症级联反应。抗dsDNA抗体是患者疑为SLE的后续检测，其较高水平与疾病活动性较大相关，因此也用来诊断和追踪SLE的疾病活动；并且其较高水平也与狼疮性肾小球肾炎相关。EULAR/ACR的SLE分类标准中，抗dsDNA诊断SLE的灵敏度：57.3%，特异性：97.4%。常用检测方法：Farr测定、CLIFT、固相免疫测定SLE患者即使未检测到DNA抗体，其体内也可能存在抗Smith抗体，该抗体与抗dsDNA抗体同样是2019EULAR/ACR的SLE分类标准，不过其水平与临床活动期无关。抗Sm抗体灵敏度波动范围较大：20-40%，即使阴性结果也不能排除SLE，但诊断SLE的特异性≥90%。这类抗体在约40%SLE患者和所有MCTD患者中存在，虽然与疾病的临床活动无关，但对于检测MCTD非常关键，尤其是不存在其他ENA的情况下。是一类多克隆抗体，可识别分子量为52kD、60kD的蛋白质，即Ro52、Ro60。最常检测的是针对Ro60的抗体，该抗原作为RNA伴侣蛋白参与分解错折叠ncRNA。这类抗体存在于原发性SS、SLE、新生儿SLE、SSc、RA、PM患者中，主要是EULAR/ACR的原发性SS分类标准的一部分，所有疑似SS的患者都应该进行该抗体检测。该抗体主要针对分子量为47kD的La/SSB抗原，该抗原换参与调节细胞增殖、肿瘤发育。
抗La/SSB抗体见于SS、SLE患者，在超1/2的原发性SS患者和超1/3的SLE患者中观察到与抗Ro/SSA抗体同时存在。而仅有抗La/SSB抗体，无抗Ro/SSA抗体的患者不太可能患有SS。抗Scl-70抗体靶抗原为拓扑异构酶1中提取的70kD片段，该抗体常存在于SSc患者中，其高水平状态与更严重的疾病程度相关（尤其肺部）。常使用检测方法：ELISA，灵敏度：43%，特异性：接近100%。该抗体针对着丝粒蛋白，与局限性SSc相关，在弥漫性SSc、SS、RA、健康人群中水平较低；雷诺氏综合征患者中发现该抗体提示SSc发生。常用检测方法：IFA，灵敏度：<40%，特异性：>97%。15%-25%的皮肌炎（DM）和多发性肌炎（PM）患者中存在这类抗体，与抗合成酶综合征相关，表现雷诺现象、发烧、关节炎、间质性贫血、肺部疾病。
检测的黄金标准是免疫沉淀（IP），拥有最高的灵敏度和特异性。这类抗体的靶抗原是核糖体60S亚基的磷酸蛋白，是最主要的细胞质抗体，包括P0（38kD）、P1（19kD）、P2（17kD）。目前没有国际上公认的实验室检测标准。这类抗体在健康个体中未被发现，因此其主要用途是SLE检测中的特异性，特别与SLE患者神经系统受累相关。
除了自身免疫病患者外，ANA还存在于感染、肿瘤患者甚至健康个体中。因此直接的阳性、阴性结果并不能直接取代病史和体检，而且这类疾病的评估还需要考虑很多因素。但没有什么可以完全取代病史和体检，以上只是作为补充/辅助诊断，用于支持临床观察。
