科研星球

干货!一篇文章教会你看懂质粒图谱


每当拿到一个质粒图谱,第一反应就是一脸懵,这是什么玩意?这些ori、RBS、tet是什么鬼?这些箭头代表什么,转录的方向吗?为什么都不相同,不会“撞车”么?这玩意究竟怎么看啊?




如何看懂质粒图谱



看懂质粒图谱的4个要点↓↓

  1. 复制起点,它控制着质粒的复制,并决定了质粒的宿主和拷贝数。

  2. 筛选标记,了解筛选标记类型,方便后续确定筛选重组质粒载体的方法。

  3. 多克隆位点,既外源基因的插入位点。

  4. 其他元件,如转录调控元件、翻译表达元件和蛋白标签等。

1.jpeg

第1步 了解质粒图谱中的复制起点

图谱中的ori表示质粒的复制起点。质粒的复制起点决定了质粒的宿主及质粒的拷贝数相关,它是质粒中的一段特定序列,富含AT和重复序列。

Tips:

  • 图谱上只有一个ori,表示质粒是原核克隆及表达质粒

  • 图谱上有两个ori,则表示该质粒是穿梭质粒,既可以在原核也可以在真核中复制

2.jpeg

第2步 了解质粒图谱中的筛选标记

图谱中的AmpR、KanaR等表示质粒载体中的筛选标签,多为抗生素抗性基因,方便后续通过抗生素筛选阳性克隆。特点是单词最后会以大写R或上标r结束。

Tips:

  • 只在一种宿主中复制的质粒仅具有一种抗性筛选标记,如原核克隆载体和原核表达载体

  • 能够在两种类型宿主中复制和表达的载体会具有两种筛选标记,如穿梭质粒

3.jpeg

第3步 了解质粒图谱中的多克隆位点

图谱中的MCS或者许多内切酶排排坐的部分,就是质粒的多克隆位点。多克隆位点为一系列限制性内切酶酶切位点,是外源DNA的插入位点,一般可通过酶切/连接的方式将外源DNA插入质粒。

Tips:

  • 位于转录启动和转录终止信号之间

  • 所包含的限制性内切酶位点数量和组成因载体不同会有所差异

  • 其中的酶切位点在质粒中为单一的酶切位点

  • 使用时需注意质粒载体与外源DNA酶切位点的兼容性问题

4.jpeg

第4步 看看质粒图谱中还有哪些有用的信息

质粒载体中除复制起始位点、筛选标记、多克隆位点外,还具有其他一些表达或调控元件,如转录调控元件、翻译调控元件和融合表达标签蛋白等。

  1. 蛋白纯化标签蛋白:His-Tag,GST-tag等

  2. 蛋白检测标签蛋白:Myc-Tag,Flag-Tag,HA-Taq等

  3. 荧光蛋白表达标签:GFP,mCherry等

5.jpeg




没有账号?