如果关注的主要是目的蛋白的相关功能，添加标签的目的是因为没有目的蛋白的商业化的抗体的话，那首先建议的选择的是Flag、HA、Myc和His等相对较小且不会影响目的蛋白空间结构的标签蛋白。这些小的标签蛋白中，根据自己实验室使用的稳定情况，可自己做出相应的选择。需要注意的是Myc标签蛋白本身即为人的Myc基因的一部分，所以在将该蛋白应用于人的细胞或者组织相关的实验的时候，应尽量避免。His标签蛋白作为目前最常用的蛋白纯化中的标签蛋白，如果实验目的是为了蛋白的表达纯化那么His蛋白是首选。如果实验目的是为了看目的蛋白在细胞中的定位，并且实现简单直观观察的目的。那就需要选择GFP、RFP等能够可以直接在荧光显微镜下观察的标签蛋白。需要注意的选择这种实验方式的时候需要GFP等荧光蛋白与目的蛋白融合表达，而GFP和RFP本身比较大，在与目的蛋白融合表达后可能会影响目的蛋白自身的空间结构，进而可能会影响目的蛋白的功能。所以不是实验必须如此设计，还是不建议选择这种融合方式。根据以往的经验更建议添加在C端，主要基于两个原因，一个是因为如果标签蛋白在目的蛋白的C端，当实验可以检测到标签蛋白的表达的时候，理论上目的蛋白肯定也已经表达；第二个原因，有些蛋白会在N端含有信号肽，如果将标签蛋白添加在目的蛋白的N端，当目的蛋白在信号肽行使完其功能后就会被剪切掉，这个时候标签蛋白也会随之被剪切，那么就不能实现添加标签蛋白的目的了。如果必须将标签蛋白添加在N端，就需要事先确认目的蛋白是否有信号肽，或者实验设计中将信号肽的序列去除。以上皆为个人经验总结，科研实验还是以实际实验中的实验结果为准，建议仅供参考
