做一块优质琼脂糖凝胶
“工欲善其事，必先利其器”，能否做一块好的琼脂糖凝胶，直接影响到后面的电泳和结果的分析。跑电泳的时候，会出现各种各样奇怪的图，展示一下：
从上图上看，条带遇到阻碍而发生了扭曲；下图中亮带虽没有发生扭曲，但是却出现了杂斑。这是因为在制胶时带入了杂质，形成了障碍物，使得条带电泳时受到阻碍无法继续电泳，从而形成扭曲（如上图）；或是制胶时溶胶不完全以致琼脂糖颗粒残留，形成一些浓度较高的区域，在DNA电泳经过这些区域时，部分DNA被阻碍在这里而形成不规则亮带（如下图）。
建议在制胶时注意以下几点：
1. 在制胶时必须将制胶模具、梳子等物品洗净，以免干胶及其他杂质带入；
2. 在溶胶时应观察溶液中是否有未溶解的琼脂糖颗粒，确保溶胶完全；
3. 在溶液倒入模具前充分混匀，以免制出来的胶出现不均匀的现象。
选择合适浓度的琼脂糖凝胶
除了以上问题，还有一个容易忽略的问题，那就是凝胶的浓度。比如：
以上这两幅图是用相同的DNA Ladder、上样量、电泳电压并且跑了一样长的时间，为啥差别明显？就是由于采用了不同浓度的凝胶电泳而导致的。长片段的DNA选用低浓度的凝胶电泳，短片段的DNA则选用高浓度的凝胶电泳
选择合适的核酸上样量电泳
DNA上样量的也会影响电泳效果。
上图是同一基因组DNA，下图是同一质粒DNA，但是因为不同的上样量，导致了不一样的电泳效果。要想电泳跑出条带的话，至少需要上样50ng，但是0.5 cm宽的梳子最好不超过0.5μg的DNA量，因为上样量过多会造成加样孔超载，从而导致拖尾或弥散，对于较长的DNA此现象更为明显。当然加样量的多少还应依据加样孔的大小及DNA片段的长度而定，加样孔大时上样量应相应加大。
选择合适的电压电泳
两图同一样本跑出的图，但是出来的效果差别非常大，主要是因为电泳时的电压不同。上图由于电泳的电压过大，导致电泳条带都扭曲变形了。通常情况下电压越低，走出的电泳条带越平整。低电压电泳时，电泳缓冲液也不容易发烫，也能确保在电泳的过程中凝胶不会变形。当然电压太低，等待电泳结果的时间就会延长，一般控制电泳电压≤5V/cm，可保证电泳条带的清晰度。
选择合适的电泳时间
这两幅图是同一块凝胶在电泳的不同时间段拍摄的电泳图。有没有觉得下图的电泳条带还行呢，有主带，虽然有弥散、拖尾条带，但是主带还是很亮的。如果只是看有没有核酸的话，差不多蒙混过去了，但是如果你是想看DNA状态或者是分离不同长度片段的DNA，那么必须多跑一会儿，这样就有了下图。
这是因为上图电泳的时间短，不同长度的DNA条带还未分离，所以只能看见DNA含量最高的主带；而下图的电泳时间较长，不同长度的DNA条带已经分离，可以清晰看到不同长度片段的DNA条带，甚至两最下方的两条RNA条带都被分离开了。
