呼吸道病原学标本的采集方法见表1。
1. 标本的运送和储存原则
首先标签应准确，信息完整，贴在容器上，而不是容器盖上。不同病原体检测标本的采集和转运原则见表2。
不同类型标本采集量、保存和转运时间见表3。
2. 针对不同病原体的检测方法
标本采集后应及时进行质量控制，合格的标本应尽可能短期内送检。某些特殊病原体标本的转运、保存和检测方法见表4。
不同检验方法的优缺点见表5。
注：PCR：聚合酶链式反应；RT‐PCR：实时逆转录PCR；mPCR：多重PCR；qPCR：实时荧光定量PCR；LAMP：环引物介导的等温扩增；NASBA：核酸序列扩增；RPA：重组聚合酶扩增；SDA：链置换扩增；POCT：即时检验或床旁检测；ITS：内部转录间隔区；NGS：二代测序技术
病原学检查结果的判读应该综合考虑患者的年龄、基础疾病、免疫状态、临床特点、病情严重程度以及先期的抗感染治疗等情况。
1. 直接抗原快速检测
胶体金法病毒抗原快速检测方法简便、快速、成本低。病毒抗原快速检测的特异性较好，但存在敏感度低、假阴性率较高的问题。当临床高度怀疑为病毒感染，但病毒快速检测结果为阴性时，应加做病毒核酸检测，以排查假阴性。
2. 血清特异性抗体检测
适合在门诊、急诊或基层医院用于病原体的筛查。但由于早期阳性率较低，需要采集急性期及恢复期双份血清进行检测和效果评价，但体液免疫缺陷的患者可呈假阴性。
3. 涂片
所获取的各种标本均应行病原学涂片检查。在结果判读时，需要结合患者的临床症状和影像学表现，排除操作过程或环境污染的可能。BALF离心沉淀后行六胺银染色、抗酸染色和革兰染色可分别用来检测肺孢子菌、分枝杆菌和部分细菌等。肺穿刺标本和胸腔积液涂片发现病原体对确诊具有重要意义。
4. 培养
在进行痰培养前必须确定是合格痰标本，并排除操作不当或环境污染的情况。定量培养有助于区分致病菌和定植菌。
5. 核酸分子扩增检测和基因芯片检测
核酸分子扩增及等温扩增基因芯片检测等方法可实现快速分子诊断，所需时间短，但现有核酸分子扩增技术也存在一定的局限性，尤其是难以快速检测和确定多药耐药病原菌的耐药基因突变部分。
以上内容摘自：中国研究型医院学会呼吸病学专业委员会成人呼吸系统感染性疾病病原学诊断专家意见编写组，成人呼吸系统感染性疾病病原学诊断专家意见，中华结核和呼吸杂志.2020.43(9):757-764.
