这两个实验当然不可以互换。而且最好都要做。为什么？

qRT-PCR检测得是mRNA水平表达，而western检测得是蛋白水平表达。可是蛋白不就是由mRNA翻译出来的么？表达水平应该与mRNA接近甚至相同啊！还真的不是！因为mRNA到蛋白过程还有多种影响因素，例如在哺乳动物体内，miRNA会结合在mRNA的3'UTR区，在不影响mRNA水平下，抑制蛋白质表达水平；即使mRNA在没有miRNA等因素的影响下翻译出来蛋白质，其他因素也会影响蛋白质的含量，例如，如果蛋白质的糖基化修饰发生错误或者异常，可能会导致蛋白质异常折叠，发生降解，使蛋白含量降低；再例如，目的蛋白虽然是胞浆蛋白，但是可以通过胞外囊泡分泌出去，从而降低胞内该蛋白的含量！

综上，细胞内多种因素都可能导致mRNA与蛋白水平表达不一致，而探究mRNA或蛋白被何种机制调控也是很有意思的一件事。